I oppfølgeren til klassikeren Til huttetuenes land møter vi den lille gutten Mikkel som drømmer at han blir vekket av bråk fra kjøkkenet. Slik begynner en surrealistisk nattlig ferd gjennom et forunderlig kjøkken hvor tre blide, men litt skumle bakere er i full gang med å bake kake. I nattbakeriet blir syltetøyglass, babymatkartonger og kjeksbokser til ruvende skyskrapere, hjulvisper og nøtteknekkere blir høye, rare tårn og rekker av nybakte brød blir t-bane-tog. Med nød og neppe unngår Mikkel å bli en av ingrediensene, og han finner isteden fram melken som bakerne leter etter, slik at de får bakt ferdig kaken sin.
I nattbakeriet er en vakker og morsom, men også mørk og skremmende reise i et barns drømmeverden. Boken ble av forfatteren selv regnet som oppfølgeren til Til huttetuenes land og har fått en rekke priser og utmerkelser.